Funktionsausfälle haben in der konfliktaktiven Phase weder Zellvermehrung noch Zellschwund, sondern eben Funktionsausfall. Von Dr. Hamer werden diese Funktionsausfälle auch „Krebs-Äquivalenterkrankung“ (krebsähnlich) genannt. In der Heilungsphase kehrt die Funktion wieder zurück. Sämtliche Funktionsausfälle werden von der Gehirnrinde aus gesteuert.